電噴霧電離質譜儀分類有多種。
1、按分析目的可分：化驗室電噴霧電離質譜儀和工業電噴霧電離質譜儀。
2、按質量分析器的工作狀態可分：電噴霧電離靜態質譜儀和電噴霧電離動態質譜儀。
3、按質量分析器的工作原理可分：電噴霧電離四極桿質譜儀和電噴霧電離傅里葉變換質譜儀等。
4、按聯用方式可分：電噴霧電離液質聯用儀電噴霧電離串聯質譜儀等。
5、按用途可分：電噴霧電離生物質譜儀、電噴霧電離制藥質譜儀、電噴霧電離化工質譜儀、電噴霧電離食品質譜儀、電噴霧電離蛋白質質譜儀、電噴霧電離多肽質譜儀、電噴霧電離菌體質譜儀和電噴霧電離抗生素質譜儀等。