二者最主要的不同是其工作肌理不同。
電子探針儀，學名應該是掃描隧道顯微鏡（scanning tunnel microscopy，STM）,它的工作原理是用一個針尖在離樣品表面極近的位置慢慢劃過，樣品和針尖上加有恒定電壓，隨著針尖和樣品起伏不平的表面原子距離的改變，二者間的電流會有變化，記錄這個電流的變化進行處理后，可以得到表面的形貌像，這是其中的一個工作方式，還有針尖位置不變，電壓變化的工作方式等。另外STM發展的非常蓬勃，衍生出很多其他類似的分支電鏡，如AFM等。
掃描電子顯微鏡（scanning electron microscopy,SEM),是通過電子束對樣品表面進行反復的掃射，通過探頭收集反射回來的二次電子和背散射電子來進行成像。
二者相同的地方則是主要用作測樣品表面形貌的儀器