以下列舉電鏡常見的應用（截至1984年），其在對外貿易和軍事等其他領域也有其用武之地 。
物理學
分子和原子形態的研究；晶體薄膜位錯和層錯的研究；表面物理現象的研究等 。
化學
高分子結構和性能方面的研究；一些有機復合材料的結構形態和添加劑的研究；催化劑的研究：各種無機物質性能、結構、雜質含盤的研究；甚至對一些化學反應過程的研究等 。
生物學
在分子生物學、分子遺傳學及遺傳工程方面的研究；昆蟲分類的研究：人工合成蛋白質方面的研究以及對各種細菌；病毒、噬菌體等微生物的研究 。
醫藥衛生
癌癥發病機理的研究及早期診斷；藥理及病理學方面的研究；計劃生育和節育藥物的研究；對病毒及干擾素方面的研究以及臨床診斷等。