根據電泳中是否使用支持介質分為自由電泳和區帶電泳。
自由電泳不使用支持介質，電泳在溶液中進行。這類電泳又分為非自由界面電泳和自由界面電泳兩類。非自由界面電泳指懸浮在溶液中的帶電粒子（如各種細胞）通電后全部移動，不出現界面，如顯微電泳等。自由界面電泳中被分離物質集中在某一層，形成各自的界面而進行定性或定量分析。自由界面電泳需要昂貴精密的電流儀器，僅在少數特殊電泳如等電聚焦電泳和等速電泳中使用。
區帶電泳都使用支持介質，根據支持介質不同分為濾紙電泳、醋纖膜電泳、薄層電泳和凝膠電泳等。此外，根據支持介質的裝置形式不同又可分為水平板式電泳、垂直板式電泳、垂直盤狀電泳、毛細管電脈、橋形電泳和連續流動電泳等。
常見的幾種電泳儀有：
1. 全自動熒光/可見光雙系統電泳儀
具有熒光/可見光雙系統，使用熒光試劑項目如CK、LD同工酶。優點靈敏度、準確度高且采用高壓、低溫系統，速度非常快。
2. 全自動醋纖膜電泳儀
為可見光單系統，使用醋纖膜電泳片，優點為自動化程度更高。多用于臨床常規血清蛋白電泳分析。
3. 全自動瓊脂糖電泳儀
為可見光單系統，使用瓊脂糖凝膠電泳膠片，優點為靈敏度高，可用于低濃度蛋白檢驗，如尿蛋白及腦脊液蛋白，同工酶的分離效果也相當不錯，所能做項目較多且靈敏度較高。
4. 全自動電泳分析系統
該電泳儀集中了上述儀器的優點，自動點樣、電泳、呈色(或染色、脫色)、烘干。可用各種電泳片，包括瓊脂片、醋酸片、聚丙烯酰胺等，采用可見光及熒光呈色雙系統，是一種較理想的電泳儀。