該凝膠通常由瓊脂糖制成,瓊脂糖是一種多糖,在緩沖溶液中加熱后會形成半固體,微孔凝膠。在一端,凝膠形成微小的凹痕,稱為孔,研究人員將研究中的DNA樣品與已知長度的參考樣品(稱為DNA階梯)放置在一起。階梯片段的長度已經通過另一種方法例如X射線晶體學來預定。
當凝膠浸入導電溶液中并施加電壓時,碎片開始遷移通過凝膠-先是較小的碎片,然后是較大的較慢的碎片。它們最終根據大小形成類似頻譜的波段。
一旦發生這種情況,研究人員將關閉電源,用DVA結合染料注入凝膠,并在紫外線下檢查樣本。使用梯子作為參考,研究人員可以確定可見帶中每個片段的大小。只有條帶可見–單個DNA片段太小而看不見。