電泳槽是凝膠電泳系統的核心部分，其系統的迅猛發展主要也是體現在電泳槽上。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。緩沖液和凝膠之間的接觸可以是直接的液體接觸，也可以間接通過凝膠條或濾紙條。管狀凝膠電泳和垂直板狀電泳大多采取直接液體接觸方式。這種方式可以有效地使用電場，但在裝置設計上有一些困難，如液體泄漏，電安全和操作麻煩等問題。
電泳槽的使用非常簡單，直接按照以下步驟即可：
1．首先當然用導線將電泳槽的兩個電極與電泳槽的直流輸出端聯接，注意極性不要接反。
2．電泳槽電源開關調至關的位置，電壓旋鈕轉到小，根據工作需要選擇穩壓穩流方式及電壓電流范圍。
3．接通電源，緩緩旋轉電壓調節鈕直到達到的所需電壓為止，設定電泳終止時間，此時電泳即開始進行。
4．工作完畢后，應將各旋鈕、開關旋至零位或關閉狀態，并撥出電泳插頭。
電泳槽操作注意事項
1．儀器通電后，不要臨時增加或撥除輸出導線插頭，以防短路現象發生，雖然儀器內部附設有保險絲，但短路現象仍有可能導致儀器損壞。
2．電泳槽通電進入工作狀態后，禁止人體接觸電極、電泳物及其它可能帶電部分，也不能到電泳槽內取放東西，如需要應先斷電，以免觸電。同時要求儀器必須有良好接地端，以防漏電。
3．在總電流不超過儀器額定電流時（大電流范圍），可以多槽關聯使用，但要注意不能超載，否則容易影響儀器壽命。
4．由于不同介質支持物的電阻值不同，電泳時所通過的電流量也不同，其泳動速度及泳至終點所需時間也不同，故不同介質支持物的電泳不要同時在同一電泳槽上進行。
5．某些特殊情況下需檢查儀器電泳輸入情況時，允許在穩壓狀態下空載開機，但在穩流狀態下必須先接好負載再開機，否則電壓表指針將大幅度跳動，容易造成不必要的人為機器損壞。
6．使用過程中發現異常現象，如較大噪音、放電或異常氣味，須立即切斷電源，進行檢修，以免發生意外事故。