根據分離原理不同，電泳可分為區帶電泳、移界電泳、等速電泳和聚焦電泳。根據電泳是在溶液中還是在固體支持物上進行，分為自由電泳和支持物電泳 。
所采用的電泳方法，大致可分為3類：顯微電泳，自由界面電泳和區帶電泳。區帶電泳應用廣泛。
移動界面電泳
是將被分離的離子（如陰離子）混合物置于電泳槽的一端（如負極），在電泳開始前，樣品與載體電解質有清晰的界面。電泳開始后，帶電粒子向另一極（正極）移動，泳動速度最快的離子走在最前面，其他離子依電極速度快慢順序排列，形成不同的區帶。只有第一個區帶的界面是清晰的，達到完全分離，其中含有電泳速度最快的離子，其他大部分區帶重疊。
區帶電泳
是在一定的支持物上，于均一的載體電解質中，將樣品加在中部位置，在電場作用下，樣品中帶正或負電荷的離子分別向負或正極以不同速度移動，分離成一個個彼此隔開的區帶。區帶電泳按支持物的物理性狀不同，又可分為紙和其他纖維膜電泳、粉末電泳、凝膠電泳與絲線電泳。
1．按支持物的物理性狀不同，區帶電泳可分為：
（1）濾紙為支持物的紙電泳;
（2）粉末電泳：如纖維素粉，淀粉，玻璃粉電泳；
（3）凝膠電泳：如瓊脂，瓊脂糖，硅膠，淀粉膠，聚丙烯酰胺凝膠電泳；
（4）緣線電泳：如尼龍絲，人造絲電泳
2．按支持物的裝置形式不同，區帶電泳可分為：
（1）平板式電泳：支持物水平放置，是最常用的電泳方式；
（2）垂直板電泳：聚丙烯酰胺凝膠可做成垂直板式電泳。
（3）柱狀（管狀）電泳：聚丙烯酰胺凝膠可灌入適當的電泳管中做成管狀電泳。
3．按pH的連續性不同，區帶電泳可分為：
（1）連續pH電泳：如紙電泳，醋酸纖維素薄膜電泳;
（2）非連續pH電泳：如聚丙烯酰胺凝膠盤狀電泳；