| 問 題 | 可能原因 | 建議解決方法 |
| 推薦電壓條件下電泳時間過長。 | 電泳緩沖液過稀。 | 配制新鮮緩沖液，使用1X稀釋液。 |
| 推薦電壓條件下電流過高，熱量過大。 | 電泳緩沖液過稀。 | 配制新鮮緩沖液，使用1X稀釋液。 |
| 推薦電壓條件下電流過低或無電流。 | 接觸不良。 | 在電泳前移除膠盒底部的封條；確認緩沖液沒過加樣孔；檢查buffer core上導線連接。 |
| 蛋白帶型條狀（streak） | 上樣過量。 樣品中鹽濃度過高。 | 降低蛋白上樣量。通過透析或凝膠過濾降低樣品中的鹽濃度。 |
| 樣品沉淀。 | 加大樣品中SDS的濃度。 | |
| 樣品中的污染，如脂類或DNA 復合物。 | 離心或過濾樣品以除去特定污染。 | |
| 制膠不佳。 | 確保灌膠均勻，一次完成。 | |
| 條帶模糊。 | 蛋白樣品部分變性。 | 完全變性蛋白。 |
| 蛋白樣品部分還原。 | 確保加入足夠量的DTT或β巰基乙醇。 | |
| 電泳時間過長。 | 觀察前面的指示劑染料，掌握恰當的電泳時間。 | |
| 啞鈴形條帶或"微笑"條帶。 | 上樣體積過大導致不完全堆積。 | 使用恰當的上樣體積。如果樣品過稀，使用超濾濃縮。 |
| 電泳過程中電場不均勻。 | 如果蛋白濃度已知，上樣時確保對稱。 | |
| 分離膠表面不平。 | 在制膠時使分離膠表面水平。 | |
| 凝膠過期。 | 在指定的失效期前使用凝膠。 |