1.顱內畸胎瘤
由于顱內畸胎瘤通常位于中線部位，所以常無明顯腦定位體征。多數患者以顱內壓增高為首發癥狀，表現為頭痛、惡心、嘔吐，眼科檢查可見雙側視乳頭水腫。位于松果體區的畸胎瘤可出現雙眼上視不能、共濟失調、性早熟、顱神經麻痹等。鞍區者可出現尿崩癥、嗜睡、視力視野障礙以及水、脂肪代謝障礙等。顱后窩者可出現小腦功能損害及頸部僵硬等。橋小腦角者可出現頭痛嘔吐、復視、共濟失調、耳聾、眼顫、顱神經損傷等。
2.胃畸胎瘤
臨床主要表現為腹部包塊，多位于左上腹，腹脹，嘔吐，嘔血和（或）黑便，呼吸困難，貧血。在新生兒或嬰兒中，上腹包塊及上消化道出血（以間歇性黑便多見）為主要臨床表現。
3.睪丸畸胎瘤
睪丸畸胎瘤的高發年齡可分為兒童和成人2個年齡段，兒童睪丸畸胎瘤高發年齡在1～2歲，成人睪丸畸胎瘤高發年齡在25～35歲。絕大多數患者表現為睪丸無痛性包塊，包塊質硬、結節狀或不規則。
4.卵巢畸胎瘤
本病轉移的發生率高。轉移方式沿腹膜擴散，常見的轉移部位有盆腔及腹腔腹膜、大網膜、肝表面、橫膈、腸及腸系膜等。轉移灶大多數為表面種植。淋巴結轉移并不少見。
5.骶尾部畸胎瘤等
骶尾部畸胎瘤的大小不一，患者多有排尿、排便困難。有時可見臀部腫大，骶尾部可有包塊。由于腫瘤多偏向一側向臀部生長，故臀部常顯得不對稱。有時腫瘤從會陰部膨隆突起。直腸受壓或受牽扯者可有便秘或大便失禁。有巨大腫瘤者可影響其母的分娩。直腸指診時可觸及骶前腫物。惡性畸胎瘤生長迅速，有進展性的便秘和排尿困難。