生了病的孩子要隔離2周，患兒用過的食具一定要進行沸水消毒處理，防止交叉感染。這種病尚未研制出疫苗。因腸道病毒有多種，同一患兒可重復多次感染此病。治療期間要注意休息，不要劇烈活動，要睡足覺，喝足水，少吃飯，多吃菜，不吃冰糕、不喝飲料。飲食上要注意保持清淡，要多喝溫開水，多給孩子吃一些富含維生素的青菜、水果等，盡可能少吃煎、炸類的油膩食品。忌食刺激性食物，如酸、甜、辣、咸、熱、硬等，尤其要注意不吃過熱、過冷的食品，避免刺激口腔破潰部位引起疼痛。可取適量綠豆、苦瓜、薏米、大米等煮粥或湯，放涼后適量給患兒飲用。
食療方法：香蕉、佩蘭、厚樸各3克,銀花、連翹各5克,生大黃2克(另包),扁豆6克。將上藥共研為粗末備用。
使用方法：將藥末倒入保溫杯中,加開水200毫升左右,浸泡30分鐘以上,首次服藥20~30毫升,然后可小量頻服,服藥中可加白糖以調味,每天1劑。年長兒中藥的劑量可按以上比例酌加；當發熱癥狀減輕或大便次數超過4次時,可停用生大黃；體溫持續不降者,可增加服藥次數或酌加大黃的藥量；嘔吐者可加藿香5克、生姜3片。
現代藥理研究表明,香薷、銀花、連翹均有較強的抑制病毒的作用,并能延緩病毒所致細胞的病變,可抗炎癥的滲出和增生,而且還有廣譜抗菌作用。生大黃通腑瀉熱,具有良好的通便排毒作用。以上藥物能使熱毒表里雙解,清上與瀉熱并行,使皰疹性咽炎患兒在短期內癥狀消失痊愈。