該病主要表現為急驟發熱，可持續高熱或反復高熱，年齡大的小兒常訴咽痛，吞咽時尤甚，有時訴頭痛、腹痛或肌痛；嬰幼兒則表現為煩躁不安、拒食、流涎、嘔吐等。多數患兒沒有咳嗽、流鼻涕等癥狀。部分患兒可出現頜下淋巴結腫大或壓痛，血常規檢查大多是血細胞計數正常或略低。
可根據癥狀和特征性口腔損害作出診斷。最好通過從損害處分離到病毒或通過特征性抗體滴度升高加以證實,但這些檢查并不推薦常規采用。鑒別診斷包括皰疹性口腔炎(特點為任何季節均可發病,呈現更大的,持續更久的潰瘍),復發性口瘡和Bednar口瘡(很少發生于咽部,而已一般無全身癥狀)。柯薩奇A組10型病毒也會引起類似病變(淋巴結性咽炎),但口咽部損害突出,呈現白色到黃色小結，治療為對癥處理。