水中病原微生物對人體健康形成的危害歷史長久。受病原微生物污染的水體中含有大量的致病菌、病毒等,可引起傷寒、痢疾、霍亂和腹瀉等腸道疾病。19世紀歐洲一些大城市因水源水質受到污染造成多次霍亂爆發和蔓延。在此之后,人類采用加氯消毒方式,基本上控制了水致傳染病問題。但1970年代以來,飲用水中又不斷發現新的病原微生物,如微小的病毒、賈第蟲、嗜肺軍團菌等,病原微生物至今仍是威脅人類健康和生命的重要因素。
大腸桿菌是腸道傳染病菌,屬于人類腸道中的正常菌群,但現已發現其中某些致病菌株可引起腹瀉,嚴重者可致死。1996年在日本爆發流行的出血結腸炎就是腸出血性大腸桿菌引起的,導致日本36個都道府共8651人患病,7人死亡,上百所中小學停課。我國自1987年以來,部分地區也陸續發生過類似疾病發病,主要原因是由于食用了污染的食物和飲水而引起。