臨床工作中，僅能在1/3～1/4的中樞神經病毒感染病例中確定其致病病毒，其中，80%為腸道病毒，其次為蟲媒病毒、腺病毒、單純皰疹病毒、腮腺炎病毒和其他病毒等。雖然當前在多數患者尚難確定其病原體，但從其臨床和實驗室資料，均能支持急性顱內病毒感染的可能性。
