經典的病毒學檢查方法包括病毒分離鑒定和血清學診斷（抗體的檢測）。由于分子病毒學和免疫學的發展，近年來又建立了許多診斷方法，包括電鏡直接觀察形態、檢查病毒抗原、核酸等，使得病毒感染的快速診斷成為可能（圖1）。
圖1病毒感染的實驗室診斷方法
一、形態學檢查
電子顯微鏡（electromicroscopy，EM） 能觀察病毒顆粒的形態和大小。對含有高濃度的病毒顆粒（≥107病毒/ml）的樣品，可直接用電鏡進行觀察。對含量少的樣品可用免疫電鏡法（immunoelectromicroscopy，IEM）檢查。即先將標本與特異性血清混合，使病毒顆粒凝聚，再進行電鏡觀察，可提高檢出率，例如甲型肝炎病毒、輪狀病毒感染的糞便標本、人類免疫缺陷病毒（HIV）和乙型肝炎病毒（HBV）感染者的血清標本等均可采用此法查出典型形態的病毒顆粒。
光學顯微鏡 能觀察病毒感染細胞內的病理變化，如包涵體或多核巨細胞等。有些病毒感染細胞后，在細胞漿或胞核內會出現用光學顯微鏡可觀察到的圓形或橢圓形的斑塊，稱為包涵體（inclusion body）。在多數情況下，包涵體是由大量病毒在細胞內合成堆積而形成。包涵體的位置（胞漿內或核內）和經Giemsa染色表現的嗜酸性或嗜堿性的不同對某些病毒性疾病的診斷有重要意義。如狂犬病病毒感染后可在腦神經細胞漿中檢出嗜酸性包涵體，稱為內基小體（Negri body），可輔助診斷狂犬病（圖35-3）。