用于組織包埋的材料有石蠟、碳蠟、樹脂、火棉膠和各種塑料等。石蠟是最常用的組織包埋劑。甲基丙烯酸甲酯的硬度很強，多用于未脫鈣骨組織的包埋。環氧樹脂和甲基丙烯酸甲酯同樣需要更復雜的包埋處理過程。Epon主要用于電鏡組織的包埋。碳蠟包埋的主要優點是不經過脫水與透明處理，故組織塊收縮較少，所以特別適用于脂肪及類脂的制片。火棉膠主要用于大塊組織和眼球的包埋，對研究神經組織和眼球等有一定的幫助。塑料包埋需要特殊試劑脫水和透明，全過程必須手工操作。塑料包埋多用于骨髓穿刺，腎穿刺和肝穿刺等小塊組織的包埋。石蠟包埋是一種常規包埋法，其獨特優點是能切出極薄的蠟片 （2～10μm），所制作的切片能連成蠟帶，便于制作連續切片，而且操作較容易，組織塊可以包埋在石蠟中長期保存。