標本
在用藥前取糞便的膿血或粘液部分，標本不能混有尿液。如不能及時送檢，應將標本保存于30%甘油緩沖鹽水或增菌培養液中。中毒性菌痢可取肛門拭子檢查。
分離培養與鑒定
接種腸道桿菌選擇性培養基，37℃孵育18～24小時，挑取無色半透明的可疑菌落，作生化反應和血清學凝集試驗，確定菌群和菌型。如遇非典型菌株，須作系統生化反應以確定菌屬；必要時，用適量菌液接種于豚鼠結膜上，觀察24小時，如有炎癥，則為有毒菌株。
快速診斷法
（1）熒光菌球法：適于檢查急性菌痢的糞便標本。將標本接種于含有熒光素標記的志賀氏菌免疫血清液體培養基中，37℃培養4～8小時。如標本中有相應型別的痢疾桿菌，繁殖后與熒光素抗體凝集成小菌球，在低倍或高倍熒光顯微鏡下易于檢出。方法簡便、快速，有一定的特異性。
（2）協同凝集試驗：用志賀氏菌的lgG抗體與富含A蛋白的葡萄球菌結合，以此為試劑，測定患者糞便濾液中志賀氏菌的可溶性抗原。