1.甲硝咪唑或稱滅滴靈（metronidazole）：對阿米巴滋養體有較強的殺滅作用且較安全，適用于腸內腸外各型的阿米巴病，為目前抗阿米巴病的首選藥物。劑量為400～800mg，口服，1日3次連服5～10日；兒童為每日每公斤體重50mg，分3次服，連續7日。服藥期偶有惡心、腹痛、頭昏、心慌，不需特殊處理。妊娠3個月以內及哺乳婦忌用。療效達100%。
2.甲硝磺酰咪唑(tinidazole)：是硝基咪唑類化合物的衍生物。劑量為1日2g；兒童為每日每公斤體重50mg，清晨1次服，連服3～5日。偶有納差、腹部不適、便秘、腹瀉、惡心、瘙癢等。療效與滅滴相似或更佳。
3.吐根堿：對組織內滋養體有有高的殺滅作用，但對腸腔內阿米巴無效。本藥控制急性癥狀極有效，但根治率低，需要與鹵化喹啉類藥物等合量用藥。劑量按每日每公斤1mg計，成人每日不超過60mg，一般每次30mg，1日2次，深部皮下或肌肉注射，連用6日。
本藥毒性較大，治療過程中應臥床休息，每次注射前應測血壓及脈搏，注意心律及血壓下降。毒性反應有嘔吐，腹瀉、腹絞痛、無力、肌痛、心動過速、低血壓、心前壓痛、心電圖異常，偶有心律失常。幼兒、孕婦，有心血管及腎臟病者禁用。如需重復治療，至少隔6周。
4.鹵化喹啉類：主要作用于腸腔內而不是組織內阿米巴滋養體。對輕型、排包囊者有效，對重型或慢性患者常與吐根堿或滅滴靈聯合應用。
碘仿，0.5g，1日3次，口服，連服10日，亦可加用1%碘仿溶液100～150ml作保留灌腸。主要副作用為腹瀉，偶有惡心、嘔吐和腹部不適。對碘過敏和有甲狀腺病者忌用。
5.其他：安特酰胺，口服，0.5g，1日3次，連續10日；巴龍霉素，每日每公斤體重15～20mg，分次口服，5～7日；安痢平，口服，0.1g，1日3次，連服10日。以上3藥都作用于腸腔內阿米巴。
6.中草藥：鴉膽子，取仁15～20粒，裝膠囊內口服，1日3次，連續7日；大蒜，1日6g，分次生吃，連續10日；白頭翁，15～20g制成煎劑，分3次服，連續10日。
以上各種藥物除滅滴靈外，往往需要2種或2種以上藥物的聯合應用，方能獲得較好效果。