根據病因，可粗略地將癲癇分為三大類，包括：
（1）特發性癲癇：又稱原發性癲癇，是指由遺傳因素決定的長期反復癲癇發作，不存在癥狀性癲癇可能性者。
（2）癥狀性癲癇：又稱繼發性癲癇，癇性發作與腦內器質性病變密切關聯。
（3）隱原性癲癇：雖未能證實有肯定的腦內病變，但很可能為癥狀性者。
隨著腦的影像學和功能影像學技術發展，近年對癲癇的病因有了重新認識，與遺傳因素相關者約占癲癇總病例數的20% —30%，故多數患兒為癥狀性或隱原性癲癇，其癲癇發作與腦內存在的或可能存在的結構異常有關。
（一） 腦內結構異常
先天或后天性腦損傷可產生異常放電的致癲灶，或降低了癇性發作閾值，過去主要依賴連鎖分析和先天性代謝病引起的腦發育障礙、腦變性或脫髓鞘性疾病、宮內感染、腫瘤以及顱內感染，產傷或腦外傷后遺癥等。
（二） 遺傳因素
包括單基因遺傳、多基因乙醇、染色體異常伴癲癇發作、線粒體腦病等，過去主要依賴連鎖分析和家族史來認定其遺傳學病因，近年依靠分子生物學技術，至少有十種特點性癲癇或癲癇綜合征的致病基因得到克隆確定，其中大多數為單基因遺傳，系病理基因致神經細胞膜的離子通道功能異常，降低了癇性發作閾值而患病。
（三） 誘發因素
許多特內、外因素可促發癲癇的臨床發作，如遺傳性癲癇常好發于某一特定年齡階段，有的癲癇則主要發生在睡眠或初醒時，女性患兒青春期來臨時節易有癲癇發作的加重等，此外，饑餓、疲勞、睡眠不足、過度換氣、預防接種等均可能成為某些癲癇的誘發因素。