皮質醇可防止體內釋放引起炎癥的物質。它用于治療由B細胞介導的抗體反應過度活躍引起的病癥。例子包括炎癥和類風濕病，以及過敏。低效氫化可的松在一些國家作為非處方藥提供，用于治療皮疹和濕疹等皮膚問題。
皮質醇通過抗原呈遞細胞(APC)和T輔助細胞(Th1細胞)抑制白細胞介素12(IL-12)、干擾素γ(IFN-γ)、IFN-α和腫瘤壞死因子α(TNF-α)的產生，但通過Th1細胞上調白細胞介素4、白細胞介素10和白細胞介素13。這導致轉向Th1免疫反應，而不是一般的免疫抑制。在感染期間看到的應激系統的激活（以及由此導致的皮質醇和Th1轉變的增加）被認為是一種保護機制，可防止炎癥反應過度激活。
皮質醇會削弱免疫系統的活動。它可以防止T細胞增殖通過使白細胞介素-2生產的T細胞無反應的白細胞介素-1，并且無法產生T細胞生長因子IL-2。皮質醇下調輔助T細胞表面IL2受體IL-2R的表達，這是誘導Th1“細胞”免疫反應所必需的，從而有利于向Th1優勢轉變并釋放上面列出的細胞因子，從而導致Th1占優勢并有利于“體液”B細胞介導的抗體免疫反應）。皮質醇對IL-1也有負反饋作用。
盡管IL-1可用于對抗某些疾病，但內毒素細菌通過迫使下丘腦增加皮質醇水平（迫使促腎上腺皮質激素釋放激素的分泌，從而拮抗IL-1）而獲得了優勢。抑制細胞不受糖類固醇反應調節因子的影響，因此免疫細胞的有效設定點可能甚至高于生理過程的設定點（反映白細胞重新分布到淋巴結、骨髓和皮膚）。快速給藥皮質酮（內源性I型和II型受體激動劑）或RU28362（一種特定的II型受體激動劑）對切除腎上腺的動物誘導白細胞分布的變化。自然殺傷細胞受皮質醇的影響。
皮質醇會刺激許多銅酶（通常達到其總潛能的50%），包括賴氨酰氧化酶，一種使膠原蛋白和彈性蛋白交聯的酶。對免疫反應特別有價值的是皮質醇對超氧化物歧化酶的刺激，因為這種銅酶幾乎肯定被身體用來允許超氧化物毒害細菌。