生殖器結核的臨床表現很不一致，不少患者可無癥狀，有的患者則癥狀較重。
1．月經失調 早期因子宮內膜充血及潰瘍，可有月經過多。多數患者就診時患病已久，子宮內膜已遭受不同程度破壞，而表現為月經稀少或閉經。
2．下腹墜痛 由于盆腔炎癥和粘連，可有不同程度的下腹墜痛，經期加重。
3．全身癥狀 若為活動期，可有結核病的一般癥狀，如發熱、盜汗、乏力、食欲不振、體重減輕等，有時僅有經期發熱。
4．不孕 由于輸卵管粘膜破壞與粘連，常使管腔阻塞；或由于輸卵管周圍粘連，有時管腔尚保持部分通暢。但粘膜纖毛被破壞，輸卵管僵硬、蠕動受限，喪失其運輸功能，也不能受孕，故絕大多數患者為不孕。在原發性不孕患者中生殖器結核常為主要原因之一。
5．全身及婦科檢查由于病變程度與范圍的不同而有較大差異，較多患者因不孕行診斷性刮宮才發現患有子宮內膜結核，而無明顯體征和其他自覺癥狀。較嚴重患者若有腹膜結核，檢查時腹部有柔韌感或腹水征，形成包裹性積液時，可觸及囊性腫塊，邊界不清，不活動，表面因有腸管粘連，叩診空響。子宮一般發育較差，往往因周圍有粘連使活動受限。若附件受累，在子宮兩側可觸及大小不等及形狀不規則的腫塊，質硬、表面不平、呈結節或乳頭狀突起，或可觸及鈣化結節。