常用的食品微生物快速檢測技術從大類上主要有：傳統計數改良方法，免疫學方法，分子生物學方法。
（1）傳統計數改良方法是在傳統培養方法基礎上進行改良的計數方法，克服傳統方法培養時間長、操作繁瑣、誤差大等缺點，包括培養基改良法、濾膜法、紙片法。
（2）免疫方法是以抗原抗體的特異反應為基礎，利用不同微生物特異抗原激發機體產生特異抗體，從其特異性檢測相應的致病微生物。常用的免疫學方法有酶聯免疫吸附技術、免疫膠體金技術、上轉發光技術、免疫磁珠分離技術和乳膠凝集法等。
（3）分子生物學方法，其中PCR技術是應用最廣的分子生物學方法，主要應用為普通PCR，熒光定量PCR和等溫擴增等。
除以上常見快檢方法外，近些年發展的飛行時間質譜、微流控技術、流式細胞技術、新一代測序技術等新興技術也正在或將要應用于食源性致病微生物的快速檢測。