直接分離基因最常用的方法是“鳥槍法”，又叫“散彈射擊法”。這種方法有如用獵槍發射的散彈打鳥，無論哪一顆彈粒擊中目標，都能把鳥打下來。鳥槍法的具體做法是：用限制酶（即限制性內切酶）將供體細胞中的DNA切成許多片段，將這些片段分別載入運載體，然后通過運載體分別轉入不同的受體細胞，讓供體細胞所提供的DNA（外源DNA）的所有片段分別在受體細胞中大量復制（在遺傳學中叫做擴增），從中找出含有目的基因的細胞，再用一定的方法吧帶有目的基因的DNA片段分離出來。如許多抗蟲，抗病毒的基因都可以用上述方法獲得。
用“鳥槍法”獲取目的基因的優點是操作簡便，缺點是工作量大，具有一定的盲目性。