獲取目的基因的方法主要有兩種：
1、從供體細胞的DNA中直接分離基因，最常用的方法是“鳥槍法”又叫“散彈射擊法"。
2、人工合成基因：以目的基因轉錄的信使RNA為模板，反轉錄成互補的單鏈DNA，再在酶的作用下合成雙鏈DNA，即目的基因，另一條途徑是蛋白質的氨基酸序列，推測出信使RNA序列，再推測出結構基因的核苷酸序列，然后用化學的方法以單核苷酸為原料合成。
在基因克隆過程中目的基因就是要分離、純化、克隆并轉化到生物體的那個可以帶來預期表型性狀如抗蟲或耐除草劑的基因。
