正常人近半數小腸內特別是小腸上部是無菌的。在腸蠕動正常的情況下，小腸內容物持續向遠側流動，以消化間隔期的移動性肌電復合運動來清理食物殘渣。胃酸局部免疫球蛋白以及回盲瓣防止結腸內容物的逆流等作用，均足以防止食糜滯留和細菌異常繁殖。任何導致這些機制被破壞的因素，均可以引起細菌過度繁殖導致盲襻綜合征健康搜索。
1.發病因素 常見發病因素有：
①腸道運動機能不良：系統性硬化癥、假性腸梗阻；
②解剖上的盲襻：Meckel憩室；
③小腸病變：Crohn病、腸結核所致的腸狹窄部分腸梗阻；
④外科手術所致：胃空腸吻合術后，輸入襻功能不良；小腸—小腸或小腸—橫結腸側側吻合捷徑術后的曠置腸段；胃空腸結腸瘺形成后空置或繞過的腸襻；術后粘連引起的部分腸梗阻等。
2.常見感染細菌
導致盲襻綜合征的感染細菌主要為厭氧菌，其他尚有大腸桿菌產氣桿菌、副大腸桿菌、變形桿菌、腸鏈球菌和糞球菌等。