（Long interspersed repeated segments, LINES）這類重復順序的長度大于1000bp，平均長度為3500-5000bp，它們與平均長度為13000bp（個別長幾萬bp）的單拷貝順序間隔排列。也有的實驗顯示人基因組中所有LINES之間的平均距離為2.2kb,拷貝數一般在1萬左右，如KpnⅠ家族等。中度重復順序在基因組中所占比例在不同種屬之間差異很大，一般約占10-40%，在人約為12%。這些順序大多不編碼蛋白質。這些非編碼的中度重復順序的功能可能類似于高度重復順序。在結構基因之間，基因簇中，以及內含子內都可以見到這些短的和長的中度重復順序。按本文的分類原則有些中度重復順序則是編碼蛋白質或rRNA的結構基因，如HLA基因，rRNA基因，tRNA基因,組蛋白基因,免疫球蛋白基因等。中度重復順序一般具有種特異性；在適當的情況下，可以應用它們作為探針區分不同種哺乳動物細胞的DNA。