常言道，人無完人，只要是人都有優缺點，機器亦如此，真空冷凍干燥機也有優點與缺點。隨著科技的發展，干燥方法有很多種，例如曬干、風干、高溫烘干、噴霧干燥、低溫凍干。
普通干燥方法（如曬干、風干、高溫烘干、噴霧干燥）通常都在0℃以上或更高的溫度下進行。干燥所得的產品一般都存在體積縮小、質地變硬的問題，易揮發的成分大部分會損失掉，一些熱敏性的物質發生變性、失活，有些物質甚至發生了氧化。因此，干燥后的產品與干燥前相比，在性狀上有很大的差別。
而真空冷凍干燥機是低溫凍干方式，其原理是將含水物質先凍結成固態，然后使其中的水份從固態升華成氣態，從而除去水份而保存物質的方法。
從哲學上講，正反共存，優缺同在，一切皆是相對的。真空冷凍干燥機相對普通干燥方法，低溫凍干法具有如下優點：
1、許多熱敏性的物質不會發生變性或失活。
2、在低溫下干燥時，物質中的一些揮發性成分損失很小。
3、 在凍干過程中，微生物的生長和酶的作用無法進行，因此能保持原來的性狀。
4、 由于在凍結的狀態下進行干燥，因此體積幾乎不變，保持了原來的結構，不會發生濃縮現象。
5、 由于物料中水分在預凍以后以冰晶的形態存在，原來溶于水中的無機鹽類溶解物質被均勻地分配在物料之中。升華時，溶于水中的溶解物質就析出，避免了一般干燥方法中因物料內部水分向表面遷移所攜帶的無機 鹽在表面析出而造成表面硬化的現象。
6、 干燥后的物質疏松多孔，呈海綿狀，加水后溶解迅速而完全，幾乎立即恢復原來的性狀。
7、 由于干燥在真空下進行，氧氣極少，因此一些易氧化的物質得到了保護。
8、 干燥能排除95%～99%以上的水分，使干燥后產品能長期保存而不致變質。
真空冷凍干燥機的主要缺點是成本高。由于它需要真空和低溫條件，所以真空冷凍干燥機要配置一套真空系統和低溫系統，因而投資費用和運轉費用都比較高。缺點：1、真空冷凍干燥機相比烘干機、真空干燥設備等價格要高；2、凍干加工相比普通方式的成本高；