棉花作為我國新疆地區的主要經濟作物，種植面積大遠遠超過其他作物，因此，棉花種子發芽率的質量檢測也是相當重要的。棉花發芽率與其他領域作物相比，即使利用真空吸種置床儀將其放在發芽箱內最佳條件，也會容易枯絲核菌，萌發率的檢測通常是低于實際種子發芽率，因此使用真空數種置床儀需要注意操作。
很多結合使用真空吸種置床儀的萌芽試驗經過近幾年的實踐和摸索，認為應做好水分、光照、培養基等各方面的關鍵控制。比如棉種對水分較敏感，用較低的水分砂床，既要滿足種子發芽的水分需求，又保證氧氣的供應，所以真空吸種置床儀處理的種子要注意水分分析。
真空吸種置床儀試驗中發芽床的制作是關鍵之一，應根據種子的發芽率以幼苗鑒定為準。用砂子作發芽床，先將消毒過的砂子倒入瓷盤中用水拌濕，使其含水量在 75%～80%，然后用二重皿的底盤盛砂子1.0～37.5px，使砂子在二重皿內處于疏松、平坦且均勻狀態。
在真空吸種置床儀將種子置床時，為使種子處于一致狀態，應將干棉籽大頭朝上，尖頭朝下，直插入砂子，然后將棉籽按下與砂面平。最后再均勻蓋砂子1.0～37.5px，輕按壓。蓋上蓋子放入已消過毒、調制適宜的溫度的發芽室內。