真空脫氣儀按照預設的脫氣程序每日運行，脫氣通過兩個階段進行：
進水階段：系統液體通過電磁閥進入脫氣罐，液體中含有的氣體會被釋出，并通過脫氣罐頂部的自動放氣閥與系統分離。
抽真空階段：隨著進水電磁閥關閉，抽真空階段的過程開始。立式多級泵會對罐內持續抽真空，制造負壓狀態，使液體中溶解的氣體全部釋出，聚集在罐的頂部并通過自動放氣閥排出。此時進水電磁閥再次打開，新的液體進入罐內。那些無氣的、有收性的液體被重新注回系統參與循環，并可以收系統中已有的氣體。當這些液體再次進入脫氣機時，那些新溶進的氣體同樣會被脫除。