檢查
1.病原學檢查由于真菌廣泛分布于自然界，甚至空氣中也常有孢子飛揚，采集糞標本和檢查操作中，應盡可能減少污染，標本要新鮮。有些真菌傳染性很強如莢膜組織胞漿菌，應注意安全防護，以免造成實驗室人員感染。
(1)直接鏡檢標本：以10%氫氧化鉀或生理鹽水制片，高倍鏡下發現大量菌絲和孢子有診斷意義。對于雙相型真菌，僅查到孢子可能是正常帶菌。真菌性腸炎的6種常見病原多數情況下直接鏡檢即可鑒定，但孢子、菌絲和其他背景物質有時相互混淆，不易辨認。
①菌絲和孢子：菌絲粗細一致，除毛霉菌外均有分隔，可見不同角度的分支，細胞質均勻，內含大小不等的顆粒。孢子多為圓形或卵圓形，多數大小一致，邊緣整齊，可見細胞構造。
②細胞壁：在氫氧化鉀溶液處理的標本中，細胞壁常變寬，連接成弧狀，類似菌絲，但無菌絲的構造。
③石棉體：比菌絲更細，不分節，無菌絲顆粒。
④植物纖維：未消化的食物殘渣，邊緣不整，無分支。
⑤脂細胞：圓形，構造模糊，無細胞壁。
⑥磷脂小球：大小不一，形狀不整，無細胞構造。
⑦氫氧化鉀結晶：雪花樣或珊瑚狀，邊緣呈鋸齒形，折光性強。
⑧小水皰：圓形，透亮，無細胞構造。
(2)染色鏡檢常用的染色方法：
①革蘭染色：適用于念珠菌，孢子、菌絲染成藍色，但著色不均。
②過碘酸錫夫染色(PA5)：真菌孢子、菌絲均染成紅色。
③丫啶橙染色：熒光顯微鏡下真菌孢子呈亮綠色。
④吉姆薩染色和瑞特染色：適用于莢膜組織胞漿菌，染色前用甲醇固定，油鏡下菌體染成紅色，較小一端有出芽，菌體周圍有一圈莢膜樣結構，為此菌的細胞壁。通常菌體位于巨噬細胞或單核細胞內，少數位于細胞外。
⑤乳酸酚棉藍染色：適用于各種真菌培養涂片，菌體染成藍色。
(3)真菌培養：糞標本直接鏡檢通常不容易確定菌種，需參考糞培養結果，觀察菌落形態，再挑取菌落染色后鏡檢。常用沙保培養基和血瓊脂培養基。對于雙相型真菌還需在不同溫度下(25℃或37℃)分別培養，以便觀察其形態改變。
①大培養：是鑒別真菌的主要方法之一，可觀察菌落的生長情況。根據菌落的生長速度、形態、色澤等，初步判別菌種。
A.試管斜面：用白金環刺破瓊脂平面，分3點將標本接種于試管斜面培養基上。此法不易污染，但菌落較小。
B.培養皿：分3點將標本接種于平皿培養基中央，倒置后放恒溫箱中培養，每3天觀察1次菌落生長情況。
②小培養：將大培養中生長較好的菌落接種在玻片培養基上。培養1～3天后，在顯微鏡下觀察菌體的特征。
A.點片法：先將少許培養基成形于載玻片中央，再將菌種接種于培養基邊緣。覆以蓋玻片，置于有U形管的玻璃平皿中，培養后于不同時間取出鏡下觀察或染色鏡檢。
B.壓片法：將菌種接種在試管斜面或平皿培養基上，覆一蓋玻片，以便菌體向蓋玻片上生長，然后于適當時間取出置于載玻片上鏡檢。
鑒別
1.真菌性腸炎與常見腹瀉病的鑒別細菌性痢疾是最常見的腸道傳染病之一，地絲菌腸炎不易與之鑒別。局限性腸炎和潰瘍性結腸炎則容易與組織胞漿菌腸炎混淆。
(1)霍亂：大流行現已少見，多為局部暴發流行。患者有劇烈吐瀉，吐瀉物呈米泔水樣或黃水樣，無腹痛，不發熱，常迅速出現嚴重脫水和微循環衰竭。吐瀉物直接鏡檢可見大量呈魚群樣運動的弧菌。
(2)細菌性痢疾：終年均有發病，多見于夏秋季。主要病變是結腸的化膿性炎癥。患者嘔吐少，常有發熱，腹瀉伴腹痛、里急后重，左下腹壓痛。大便混有膿血，鏡檢可見紅細胞、膿細胞和巨噬細胞，培養有痢疾桿菌生長。
(3)阿米巴痢疾：以散發為主。患者常隱匿起病，腹瀉輕重不一，毒血癥少，腹痛與里急后重不明顯，與真菌性腸炎頗為相似。但糞便與膿血不混合，典型者呈果醬樣，腥臭，鏡檢以紅細胞為主，可見吞噬紅細胞的阿米巴滋養體和夏科-雷登結晶。乙狀結腸鏡檢見腸黏膜散在潰瘍，邊緣整齊，充血隆起，潰瘍間黏膜正常。潰瘍涂片或活檢可見滋養體。
(4)傷寒與副傷寒：副傷寒丙可呈胃腸炎型發作，但病程短，預后好，多在3～5天內恢復。傷寒與副傷寒甲、乙以高熱、全身毒血癥癥狀為主，可伴有腹痛，但腹瀉少。血或骨髓培養有傷寒或副傷寒桿菌生長即可確診。
(5)局限性腸炎：或稱Crohn病，通常病史漫長，有明顯發作與緩解交替出現的現象。X線鋇餐顯示病變以回腸末端為主，有邊緣不全的線條狀陰影，病變呈節段分布，間以擴張的腸曲，即所謂脫漏征。
(6)潰瘍性結腸炎：臨床表現為反復發作的腹瀉、膿血便，可伴有發熱。病變以乙狀結腸、直腸最為嚴重，或累及整個結腸。腸鏡檢查可見腸黏膜充血、水腫及潰瘍形成，黏膜松脆易出血。糞培養無致病菌生長。晚期病例X線鋇餐顯示結腸袋消失，腸管呈鉛管樣變化。
(7)難辨梭狀芽孢桿菌性腸炎：兩者均常出現于應用抗生素治療之后，難辨梭狀芽孢桿菌多引起假膜性腸炎，其特征是結腸黏膜深處壞死性炎癥，出現滲出性斑或形成大片假膜。病原學檢測可以鑒別。
(8)其他腹瀉：過敏性腹瀉有進食魚蝦或接觸變應原史，既往有類似藥物性腹瀉有服用瀉藥史；酶缺乏性腹瀉有遺傳病家族史。通過詳細詢問病史，結合糞病原學檢查，均不難鑒別。值得注意的是，對于細菌性腸炎和病毒性腸炎，通常以糞標本中找到病原體為主要鑒別依據。而對于真菌性腸炎，即使糞培養有真菌生長，仍難以確診，因為糞標本很容易被真菌污染，而且，有些真菌屬于腸道正常菌群。