1.一般治療和對癥治療臥床休息，消化道隔離。給予易消化、高熱量、高維生素、低脂肪飲食。限制進食牛奶以防腹脹。避免刺激性、多渣食物，防止誘發腸穿孔。退熱可用物理降溫。停用原有抗生素。忌用止瀉藥。可應用微生態制劑。
2.液體療法靜脈補液：進食少、失水明顯的患者，應靜脈輸液，以補充水分、熱量，及時糾正酸堿平衡和電解質紊亂。原則上損失多少補多少，遵循“先鹽后糖，先快后慢，糾酸補鉀”的方針。口服補液：適用于輕度失水者和靜脈補液后病情已有改善者。
3.中醫中藥運用中醫的整體觀點，辨證施治，扶正祛邪，在提高機體免疫力和改善全身狀況的同時，加以有效的抗真菌藥治療。尤其是艾滋病并發真菌性腸炎，中西醫結合療法有其獨到的優勢。大蒜、黃連、土槿皮、毛姜等中藥均有一定的抗真菌作用。由大蒜的有效成分——大蒜素制成的注射液，可供靜脈滴注，亦可口服。近來有人用中藥濃煎成汁灌腸，亦取得不錯的療效。
4.抗真菌治療首選制霉菌素口服。重癥或口服有困難者選用氟康唑或二性霉素B合用氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)靜脈滴注。
(1)制霉菌素：為多烯類抗真菌抗生素，因不溶于水，口服不吸收，故副作用較小。成人每次100萬U，3次/d，兒童酌減，療程10～14天。可與大蒜素合用。
(2)大蒜素：為大蒜經真空分餾得到的一種有效揮發油，化學名為三硫二丙烯，亦可人工合成。注射劑，成人每天90～150mg，加入5%葡萄糖中滴注，4～5h滴完。口服膠丸，成人每次40～60mg，3次/d，飯后服。兒童用量酌減。療程2周～4個月。
(3)氟康唑：為取代酮康唑的新一代三唑類化學制劑，對肝臟的毒副作用遠較酮康唑小。用法：成人每天200～400mg，兒童5～10mg/(kg?d)，1次口服或靜脈滴入。療程10～14天。此藥應避免與降低胃pH值的堿性藥物同服，否則影響該藥的吸收；也應避免與降血糖藥、環孢素A、苯妥英鈉、利福平、H2拮抗藥等合用，以免相互干擾、加速代謝而降低療效。
(4)伊曲康唑：作用與氟康唑類似，僅供口服。用法及注意點同氟康唑。用于治療副球孢子菌腸炎，療程需6～12個月。