真菌性鼻-鼻竇炎的治療原則：①早期的手術治療，侵襲型者一經確診應盡早手術，清除鼻腔和鼻竇內真菌病原和壞死及不可逆的病變組織，恢復鼻竇的通暢引流。②藥物治療。
1．手術治療 手術方式和范圍應根據病變范圍和患者的具體情況而定。病變不嚴重的（如真菌球、變應性真菌性鼻-鼻竇炎、慢性侵襲性真菌性鼻-鼻竇炎）一般均可采用鼻內鏡手術徹底清除病灶及病變組織，保留正常粘膜，創造鼻竇寬敞的通氣和引流。病情嚴重，病變范圍廣者，可采用柯-陸氏手術（Caldwell-Luc operation）、鼻側切開術（lateral rhinotomy）或與鼻內鏡手術聯合等術式。病變累及顱內時可采用顱面聯合術式，并于術前應用抗真菌藥物，術后可應用抗真菌藥物沖洗鼻腔和鼻竇。
中藥療法：中藥治療常用真菌性鼻竇炎，中草藥配方：蒼耳子30克、辛夷20克、黃芩35克、細辛4克、白芷25克、龍膽草10克等中草藥材，手工工序，精心選藥、晾曬、研磨，外用，一日兩次，對真菌性鼻竇炎有確切效果。
2．藥物治療
（1）急性侵襲性真菌性鼻-鼻竇炎術后必須用抗真菌藥物，伊曲康唑（itraconazole）和兩性霉素B（amphotericin B）為常用的抗真菌藥物，劑量可根據病情和患者耐受性而定。經手術和兩性霉素B治療病情已被控制或病情較輕者，可用酮康唑或伊曲康唑口服治療。
（2）變應性真菌性鼻-鼻竇炎手術后應用糖皮質激素是非常重要的輔助治療。激素應用的劑量為強的松30mg/d～40mg/d，口服一周后劑量減半，繼續服用一個月，然后按0.2
mg/（kg·d）服用4個月，再按0.1mg/（kg·d）服用2個月，同時應用人工合成長效類固醇鼻內噴霧。有報道稱以對患者致病的真菌浸液進行免疫治療，可減少術后激素的用量和變應性真菌性鼻竇炎的復發率。
3．對癥支持治療 增強抵抗力，恢復免疫功能，治療原發病，停用抗生素及免疫抑制劑。必要時輸全血或血漿。