1. 病原菌
常見的致病菌主要是曲霉菌（aspergillus），占80%以上，其他有念珠菌（monilia）、Seeber鼻孢子菌（rhinosporidium Seeber）、毛霉菌（mucoraceae）和申克孢子絲菌（sporotria Schenck）等。曲霉菌為條件致病菌，致病的曲霉菌主要有煙色曲霉菌（A. fumigatus）和黑色曲霉菌（A. nigrae），以前者最常見。可單種曲霉菌感染，亦可兩種或兩種以上曲霉菌合并感染。毛霉菌感染較少見，但相當險惡，因為其更傾向于侵入動脈彈性內膜層，形成血栓，繼發缺血性血栓及出血性壞死，死亡率較高。
2. 外界環境 包括氣候及生活環境。濕熱氣候如中國南方省份的發病率相對北方高；長期經常性從事接觸土壤、花盆及家禽的工作人員易罹患。
3. 全身因素 如糖尿病、長期應用皮質類固醇激素、抗腫瘤藥物、長期使用廣譜抗生素、放療及艾滋病病人等均為真菌性鼻竇炎的易發人群。有報道低免疫功能、低氧、低pH值血癥及高血糖環境（三低一高）是真菌生存的合適條件。
4. 局部因素 是部分真菌性鼻竇炎的主要致病因素之一。各種因素所致的鼻腔、鼻竇通氣引流受阻，包括解剖因素如中鼻道狹窄、中鼻甲反向彎曲等；局部的慢性炎癥、水腫，竇腔的分泌物潴留；同側上列牙齒的病變等。