直接顯微鏡檢查對真菌病的診斷較細菌更為重要，憑借鏡檢所見菌絲和孢子形態可快速、簡便檢測真菌，對淺部真菌病、隱球菌病、皮膚病、皮膚黏膜假絲酵母菌等具有診斷意義。其次，直接顯微鏡檢所見的真菌形態即為該真菌組織形態，且能確定某些致病真菌的屬和種。但直接鏡檢也有其局限性，陰性結果不能排除真菌感染，其敏感度不如真菌培養。
