以痰標本為代表的呼吸道標本，由于咳出時必須經過口咽部，標本必然混雜口咽部的正常菌群，因此對臨床診療價值有限。而機體某些無菌部位，一旦檢出細菌或真菌，結合臨床癥狀，即可確定為致病菌，這一點與痰和下呼吸道標本有所不同，故此類標本臨床檢驗及診斷價值極大，但通常較難獲取，故極為珍貴，包括腦脊液、血液、心包積液、胸腹水和關節液等。采集時應注意以下幾點：
1、腦脊液：實驗室檢測腦脊液中感染性病原體的靈敏度取決于腦脊液的采集量，采集3-5ml為宜，采集后須立即送達實驗室。用于培養的腦脊液須在室溫下離心（3000g，15分鐘）濃縮，離心后上清液用于血清學試驗，沉淀用于鏡檢和培養，鏡檢發現陽性結果須立即向醫生報告；
2、血液：對所有懷疑深部真菌的病例均應進行血培養，但此法檢出率不高，對高度懷疑者，可采集動脈血培養或使用解離離心系統。
3、骨髓：有助于診斷一系列深部真菌感染，包括組織胞漿菌病和隱球菌病，采集3-5ml放的無菌容器中并立即送檢。
4、其他體液：包括胸水、腹水和關節液等均應收集至無菌容器中，并快速送達實驗室，離心沉淀用于鏡檢和培養。
5、尿液：非插管病人的新鮮中段尿最宜，最好在醫護人員監督指導下留取，應在2小時內送達 ，對于疑似真菌感染的患者，尿液標本應離心，沉淀部分用于培養。
6、淺部真菌標本種類較多 ，包括皮膚、甲和毛發，采集此類標本前用75%酒精清潔，皮膚標本取材時用鈍刀從損害邊緣向外刮取，如果是鱗屑，可用透明膠帶粘附；甲標本應從變色、萎縮的部位采取，盡可能接近甲近端取材；對于毛發，可用鑷子將毛發從頭皮拔除；對于口腔粘膜和耳道，可用刮片和拭子取材，雖然刮片效果好，但后者更常用，因為拭子更便于標本的運送。
總之，正確的標本采集、運送、保存和處理對于臨床微生物室的工作質量至關重要，必須給予高度重視，本病例中對患者痰性狀和涂片的描述實際上就是對標本質量的評價。