真菌毒素對人和動物都有極大危害。防止真菌毒素病害，首先要防止食物和飼料霉變。
糧食飼料在收獲時未被充分干燥或貯運過程中溫度或濕度過高，就會使帶染在糧食飼料上的真菌迅速生長。幾乎所有在糧食倉庫中生長的真菌（倉貯真菌）都侵染種胚造成谷物萌發率下降，同時產生毒素。谷物的含水量是真菌生長和產毒的重要因素。一般把糧食貯存在相對濕度低于70%的條件下，谷物的含水量在15%以下就可控制霉菌的生長。
大部分真菌在20-28℃都能生長，在10℃以下或30℃以上，真菌生長顯著減弱，在0℃幾乎不能生長。一般控制溫度可以減少真菌毒素的產生。但是有些鐮刀菌能在7℃時在過冬的谷物上產毒。黃曲霉最低生長溫度為6-8℃，最高生長溫度達44-46℃，在32℃時黃曲霉毒素B1的產量最高。有趣的是微生物學家已經找到一種能產生黃曲霉毒素抑制劑的微生物，該抑制劑的應用大大減少了黃曲霉毒素的污染。