下列情況均可引起Brugada綜合癥樣心電圖改變，臨床中應加以鑒別。
(1)急性前間壁心肌梗死；(2)右或左束支阻滯；(3)左心室肥厚；(4)右心室梗死(5)左心室室壁瘤；(6)主動脈夾層動脈瘤；(7)急性肺栓塞；(8)Duchenne肌營養不良；(9)遺傳性運動失調；(10)縱隔轉移瘤壓迫右心室流出道；(11)可卡因中毒；(12)雜環類抗抑郁藥過量；(13)高鈣血癥；(14)高鉀血癥；(15)維生素B1缺乏等。在考慮作出Brugada綜合癥的臨床診斷時必須排除以上情況。
詳細詢問病史和家族史是診斷的關鍵。不能解釋的暈厥、暈厥先兆、猝死生還病史和家族性心臟猝死史是診斷的重要線索。如患者出現典型的I型心電圖改變，且有下列臨床表現之一，并排除其他引起心電圖異常的因素，可診斷Brugada綜合癥：①記錄到室顫；②自行終止的多形性室速；③家族心臟猝死史。
對于II和Ⅲ型心電圖者，經藥物激發試驗陽性，如有上述臨床表現可診斷Brugada綜合癥。如無上述臨床癥狀僅有特征性心電圖改變不能診斷為Brugada綜合癥，只能稱為特發Brugada癥樣心電圖改變。