采用二次蒸餾裝置必須注意水位的控制,因冷卻水的水不再經過水位器再直接排放掉,燒瓶水位只能依賴燒瓶及進行控制水位器來進行控制,在任何情況下,燒瓶內水不允許放完,因此燒瓶容積不宜小于20升(即4小時以上的蒸餾量),不然,在蒸餾時應經常加水,以免斷水而燒壞儀器。