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Differential proteomic analysis revealing the ovule abortion inthe female-sterile line of Pinustabulaeformis Carr.
Plant Science 260 (2017) 31-49
研究背景
胚珠敗育嚴重影響油松產量。對于胚珠敗育分子機制的研究有助于提高油松座果率，改進人工種子的生產方法。
樣本來源
油松雌配子體有絲分裂早期和晚期的可育胚珠VS敗育胚珠
研究技術
iTRAQ，三個生物學重復
研究結果
1. 通過高分辨率質譜技術，在油松胚珠中共鑒定出19305個肽段，4192種蛋白質。其中2785種蛋白的特異肽段大于等于2。
油松胚珠蛋白質質譜數據統計
2. 對油松可育胚珠和敗育胚珠的有絲分裂早、晚期不同組別之間都做了兩兩相對定量分析比較，對差異蛋白做了GO功能注釋和KEGG代謝通路注釋。
不同組之間差異蛋白GO功能注釋
不同組之間差異蛋白KEGG代謝通路注釋
3. 可育胚珠有絲分裂早期與敗育胚珠有絲分裂早期相比，差異蛋白主要參與內吞作用、過氧化物酶和谷胱甘肽代謝。說明在有絲分裂的早期，不同育性的胚珠即出現了分化。可育胚珠和敗育胚珠的有絲分裂早晚期進行對比，不同育性油松胚珠的差異蛋白按其功能主要分為四大類：第一大類主要參與碳代謝、次級代謝和脂質合成；第二大類主要參與谷胱甘肽代謝；第三大類主要參與細胞周期、細胞信號傳導；第四大類參與DNA復制和損傷修復。
油松可育胚珠和敗育胚珠差異蛋白分類
4. 根據不同育性胚珠差異蛋白生物信息的分析結果，作者對油松育性分化的調節機制進行了合理推測，并繪制了示意圖。
油松可育胚珠和敗育胚珠調節機制示意圖
5. qPCR驗證結果顯示，有7個轉錄本的表達趨勢與蛋白質組學的數據相符，3個不符合。
小編心得
本篇是一類很典型的利用蛋白質組學技術（iTRAQ）發表在Plant Science上的文獻，研究不同育性的油松胚胎在蛋白質層面的表達差異，通過目前常見的一系列生信分析（GO、KEGG、聚類）以及驗證手段（qPCR）獲取可信度較高的特異性（或目標性）蛋白質，為油松胚胎敗育的機制研究和種子改良打下基礎。
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