一類DNA糖苷水解酶一般只對應于某一特定的類型的損傷,如尿嘧啶糖苷水解酶就特異性識別DNA中胞嘧啶自發脫氨形成的尿嘧啶,而不會水解RNA分子中尿嘧啶上的N-β-糖苷鍵。
DNA分子中一旦產生了AP位點,AP核酸內切酶就會把受損核苷酸的糖苷-磷酸鍵切開,并移去包括AP位點核苷酸在內的小片段DNA,由DNA聚合酶Ⅰ合成新的片斷,最終由DNA連接酶把兩者連成新的被修復的DNA鏈,這一過程即為堿基切除修復(base-excision repair, BER) 。