核磁共振機房的面積要求在影像科的眾多機房中，屬于最大的。核磁共振機房沒有如放射設備機房那樣有規范規定的最小尺寸要求，所以是以廠家的安裝要求為準。
索然現在市面上主流的“3+1品牌”（西門子、飛利浦、GE+聯影）對房間尺寸的要求各有不同，但都大同小異。核磁共振機房的房間面積控制在40㎡左右為宜，小于35㎡則有無法安裝的風險，大于50㎡會造成面積浪費。機房的形狀宜采用較方正的矩形，長寬比不宜太大，寬度控制在5.5米左右較合適。
目前市面上主流的核磁共振設備都是帶有外置水冷機組的，且由于磁場干擾的影響，核磁共振機房內不能擺放輔助設備，因此核磁共振設備應標配輔助設備機房。輔助設備機房內需要放置控制柜、配電柜、水冷機組、空調機組等設備，面積也不能太小，15~20㎡比較合適。
當然控制室也是必須的，面積在15㎡左右為宜。
對承重與運輸的要求
核磁共振設備重量較大，目前臨床使用較普遍的3.0T設備重量最大可達13噸（也有更高場強的設備，一般用于研究，需具體分析）。這就對機房的承重設計提出了一定要求。
而這其中，重量和體積最大的磁體部分是不能拆分的，需要進行整體運輸。單個磁體本身就重10噸左右，這對運輸路徑的規劃也有很高的要求。
運輸路徑包括了從設備卸車到進入機房的全過程。首先建設單位需要規劃一塊便于運輸卡車和吊車到達的場地。進行卸車的場地需要有一塊至少3x3m見方的硬化平臺，用于吊放磁體。場地的承重能力要求達到10KN/㎡，可采用現澆混凝土、磚砌或搭建腳手架的形式，再鋪設1cm的鋼板用于均攤重量。吊放磁體場地和室內地平有高差的也需要墊平或鋪設坡道，從卸車場地到機房的路徑都要滿足磁體承重的要求。
除了重量外，磁體的體積也是運輸中需要考慮的重要因素，整個運輸路徑包括了水平運輸路徑、轉彎場地和機房入口幾個環節。水平運輸通道的凈寬度一般要求不小于2.4m（少數設備要求2.6m），凈高度不小于2.5m。轉彎場地需稍大一些，一般按3x3m考慮。進入機房須在機房墻面留洞，一般推薦按2.8x2.8m的尺寸預留，待設備運入后再砌筑封堵。
對降板的要求
與放射設備機房相同，核磁共振機房也需要預留用于規劃管溝和設備基礎的結構降板空間。與放射機房有所差異的是，核磁共振機房的地面還需要鋪設防潮層和屏蔽層，所需的空間更多。
此外，磁體中心近距離范圍內對均勻靜態金屬物體（如樓板鋼筋）的含量是有限制的，進行降板也有助于增加樓板與設備距離。綜合來看，核磁共振機房的降板高度一般考慮到300mm。
對墻體的要求
核磁共振機房的墻體沒有防輻射要求，因此不用采用實心磚或混凝土砌筑。但墻體需要鋪設電磁屏蔽層，對墻體的承重能力和穩固性有一定的要求，一般可采用加氣混凝土塊或其他容重較低的砌體材料。
對門窗的要求
門
核磁共振機房門的設置與普通放射影像設備機房門的設置是有些不同的。普通放射影像設備機房往往設兩個門，一個門開向就診走廊，作為患者主入口，常采用1.5米的電動移門；一個門開向控制室，方便醫生出入，采用1米左右的手動平開門，這樣設置對于核磁共振機房的電磁屏蔽處理是不利的。