采用鏈霉親和素磁珠（PuriMag G-strep 貨號PMG015）進行RNA pull-down
RNA pull-down assay using Streptavidin magnetic beads
1. RNA pull-down 第一天——生物素探針標記RNA
1）前期準備：取出Pierce? RNA 3' End Desthiobiotinylation Kit，將試劑盒中的PEG及DMSO置于常溫，其余組分置于冰上融化，也可將PEG放于37攝氏度融化；打開PCR儀；
2）依照RNA母管含量，用DEPC水溶解RNA，我們通常是10ug/管，用10μl DEPC水溶解。同時溶解試劑盒中Control RNA作為陰性對照；
3）取對照RNA及目標RNA各5 μl,放于200 μl的PCR管中，每管可加1 μl DMSO，混勻后置于PCR儀上，85℃，5min,然后立即置于冰上5min;（DMSO的加入可有助于打開RNA的二級結構，提高RNA ligation的效率）
4）按照下表配制探針標記反應的體系：
成分 體積（μl）
water 3
10X RNA ligase recation buffer 3
RNase inhibitor 1
Non-labeled RNA 5
Biotinylated Cytidine Bisphosphate 1
T4 RNA Ligase 2
PEG 30% 15
Total 30
5）混勻上述反應體系，之后放至PCR儀內， 16℃，4h至過夜。反應時間的延長可提高連接效率；
6）連接反應結束后，向每管加400μl nuclease free-water;
7）每管加300 μl酚氯仿提取標記成功的RNA；渦旋后最大轉速離心15min,小心將上層水相移取到新的EP管中；
8）加10 μl 5M NaCl ,2 μl糖原，以及600 μl 預冷的100%乙醇，放于-20℃或-80℃沉淀，可沉淀過夜。
2. RNA pull-down 第二天
1）前期準備
·DTT ，蛋白三聯室溫溶解；
·streptavidin magnetic beads;(S1420, New England Biolabs)
·RNase Inhibitor;
·細胞，10cm大皿若干，長至約80~90%密度；
2）RNA抽提
a)將沉淀過夜的RNA取出，4℃，最大轉速離心30min，離心后可見管底的白色沉淀，及為RNA；
b)小心移取上清，用1ml 70%乙醇洗滌,8000rpm 離心10min,之后吸凈管內液體，空氣中晾干RNA，若乙醇未揮發完全，將影響下游實驗效率；
c)每管加20 μl nuclease free-water溶解RNA，之后將RNA放于PCR儀中，95℃，5min使其變性，之后立即置于冰上，備用。
3）細胞裂解
a)棄去培養基，用預冷的PBS洗3次，吸去上清；
b)每個大皿中加入200μl cell lysis buffer A (加蛋白三聯)；
c)用細胞刮刀刮下細胞，收集至EP管，液氮中三凍三融；
d)離心，4℃，3000rpm，離心10min；
e)轉移上清至新的EP管中，置于冰上；可加200U/ml RNase Inhibitor;
f)取10-20 μl左右上清至新管中，作為實驗input組。
4）magnetic beads （PuriMag G-strep 貨號PMG015）預處理
a)渦旋混勻beads；
b)每管取400μl beads(如本次實驗中，control RNA 及目的RNA各1管)，置于磁力架上，吸去上清；
c)用800μl 1X binding & washing buffer ,洗3次，吸去上清；
5）RNA 與beads結合
a)向上一步的beads中加入400μl 2X binding & washing buffer；
b)向上一步中加入20μl RNA ,再補380μl DEPC水，使其終體積為800μl；
c)室溫慢速旋轉20min,使beads與RNA充分結合；
d)將上一步的管子置于磁力架上，吸去上清；
e)用800μl 1X binding & washing buffer（含RNase Inhibitor, 1U/ μl）,洗3次，吸去上清；
f)用cell lysis buffer A 洗一次beads, 吸去上清，注意不要讓beads干掉。
6）RNA與蛋白相互作用
a)向上一步已處理好的beads中每管加入500μl 細胞裂解液（第3步）；同時向每管加入RNase Inhibitor, 1U/ μl；
b)4℃慢速旋轉2h,使beads與細胞裂解液充分結合；
c)磁力架上吸去上清，用400 μl新鮮配制的cell lysis buffer A（+RNase Inhibitor+蛋白三聯），洗5次beads;
d)吸去上清，用25μl預冷的0.1% SDS溶液重懸beads，加6.25μl 的5X蛋白上樣緩沖液，100℃金屬浴煮10min.之后立即置于冰上5min,再置于磁力架上吸取上清至新的EP管中，準備蛋白上樣。
7）蛋白的檢測
可采用western blot 或質譜繼續下游蛋白的驗證。
以上就是的RNA pull-down技術的超詳細秘籍啦！