在免疫學研究方面, 已廣泛應用AP 標記抗體進行酶聯免疫熒光反應(E LISA)和Western 印跡分析, 即將A P 與顯色劑或去磷酸化后能發光的底物相互作用來揭示靶與檢測酶復合物的存在, 與辣根過氧化物酶相比, AP 用作標記酶的優點是穩定性高、靈敏度高, 缺點是成本高、標記困難。在生物化學和分子生物學方面, 用AP 催化除去DNA 分子的5′末端磷酸基團以防止載體自連是基因克隆中的常規手段之一。用AP 脫去5′末端磷酸基團, 再用(γ-3 2P)A TP 標記5′末端, 可用于化學測序, RNA 測序和特異性DNA 或RN A 片段的圖譜構建。應用AP 代替同位素標記核苷酸探針用于分子雜交。研究中最常用的AP 有:
①細菌堿性磷酸酶(BAP)；
② SAP(來源于一種北極蝦)；
③小牛腸堿性磷酸酶(CIAP)；
④胎盤堿性磷酸酶(PLAP)和分泌性堿性磷酸酶(SEAP), 后者是前者的C 末端短缺版, 與PLAP 相比, SEAP 沒有PLAP 的C末端最后24 個氨基酸(這24 個氨基酸構成了與糖基化磷脂酰肌醇靶向錨定的區域)。
另外, 將phoA基因與其它基因融合表達雜合蛋白可用于基因表達的研究。在1995 年還報道了以AP 作為識別元件的生物傳感器。工業上一個普遍的應用是基于巴氏殺菌可破壞AP , 因此將AP 作為檢驗牛奶的巴氏滅菌的標志。