此外，間充質干細胞還被用于肝細胞的移植，以及牙科，角膜疾病的研究，等等方面。作為一種面目模糊但卻功能強大的成體干細胞，間充質干細胞的研究正是成體干細胞研究的一個熱點。
在未來，間充質干細胞的研究還有以下幾個關鍵問題：首先，是尋找和鑒定間充質干細胞的特異性細胞表面標志分子。科學家們肯定不會放任間充質干細胞就這樣面目模糊下去，一定要找出它的分子標志，讓它們在我們的眼皮底下無所遁形，這樣我們才能更好的分離、培養、研究和利用它們。其次，鑒于間充質干細胞良好的分化潛能，對它的功能拓展也是一個關鍵，尋找不同來源、不同特性的間充質干細胞，并且擴展它們的分化能力，擴大它們所治療疾病的適應癥，減少不同個體之間的差異，提高誘導分化的效率和方向性都是未來間充質干細胞研究中所面臨的挑戰。