離子交換色譜儀以離子交換樹脂為固定相，以無機酸或無機堿的水溶液為流動相，各種離子根據它們與樹脂上的交換基團的交換能力不同而得到分離。
一、固定相：
離子交換樹脂固定相上具有固定離子基團和可交換的離子基團，當流動相帶著組分電離生成的離子通過固定相時，組分離子與樹脂上可交換的離子基團進行可逆交換。
1、按結構不同可分：
（1）純離子交換樹脂。
（2）表面層離子交換樹脂：由玻璃珠等硬芯子表面涂一層樹脂薄層構成。
（3）大孔徑網絡型樹脂。
2、按結合的基團不同可分：
（1）陽離子交換樹脂：
（2）陰離子交換樹脂：
二、流動相：
最常用的流動相是水緩沖溶液。
有時使用有機溶劑，如甲醇或乙醇與水緩沖溶液混合使用，以提高特殊的選擇性，并改善樣品的溶解度。