離子色譜儀工作流程基本大同小異。其流程主要為：
1、對淋洗液系統進行必要檢查，打開氬氣氣瓶開關，調節減壓閥指示為0.2-0.3Mpa；打開淋洗液系統氣源裝置，調節減壓閥，使指示表顯示為3-6PSi。
2、分別按順序打開主機 -電腦-打印機等設備電源開關，對設備進行上電操作。
3、系統處理及控制系統上電接通后，進入操作界面，并進入系統操作面板，準備操作前的準備及管理工作。
4、打開泵。如色譜分析儀長時間不使用或更換淋洗液后，要先打開平衡泵頭上的PRIME閥排氣后再開泵，待泵壓力穩定后再打開抑制器電源。
5、在進入色譜柱之前通過進樣器將樣品導入, 流動相將樣品帶入色譜柱, 在色譜柱中各組分被分離, 并依次隨流動相流至檢測器。
6、檢測器檢測到的信號送至數據系統，利用操作界面做完樣后，選擇檢測標準進入數據處理，對采集數據進行記錄、處理、打印或者保存等操作。
7、關機，系統關機需要根據檢測樣品不同選擇不同關機步驟。對于陰陽離子，需要先將抑制器電流關掉，然后再關泵，最后關主機。
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