離子色譜中影響保留時間穩定的因素有以下幾個原因：（1）儀器的某部分可能有漏液。（如：接頭處沒擰緊等）（2）系統內有氣泡使得泵不能按設定的流速傳送淋洗液。（3）分離柱交換容量下降，使保留時間縮短。（4）由于抑制器的問題引起保留時間的變化。（5）使用NaOH淋洗液時空氣中CO2對保留時間的影響。
