1、結構簡單，體積小，容易抽真空，所以便攜式質譜會采用離子阱。
2、由于離子阱可以將某個離子限制在阱里面做軌道運動，所以可以對這個離子做二次碎裂（一般做法是加入氦氣，讓氦氣分子和離子進行碰撞碎裂），對二次碎裂后產生的碎片離子再進行碎裂，產生三級碎片，這個叫做多級質譜。離子阱比較容易實現多級質譜，所以對某個特點物質的定性，多級質譜是個很有用的工具。當然多級質譜也有很多局限，很多化合物在阱里面不一定能被二次碎裂，即打不碎，而且離子阱碎片有三分之一效應，即質荷比是母離子1/3以下的碎片都觀察不到，對定性結論造成不確定性，所以多級質譜存在打不碎或者看不到的問題。多級質譜適合對某一個或者幾個化合物的分子進行定性研究，要對上百種VOC化合物進行多級質譜顯然很不現實。