利用離子阱作為分析器的質譜儀稱為離子阱質譜儀。使用最多的是由高頻率電場進行離子封閉的保羅阱（Paul trap）。由一個雙曲面截面的環形電極和上下一對端電極構成。封閉在真空池內的離子，通過高頻電壓掃描，將離子按m/z從池中引出進行檢測。離子阱質譜儀是一種低分辨時間串聯質譜儀。可以進行msn的測定（通常n=2-6）。而且價格比其它類型的串聯質譜儀便宜。在有機物定性方面得到了很廣泛的應用。
