利用離子阱作為分析器的質譜儀稱為離子阱質譜儀。使用最多的是由高頻率電場進行離子封閉的保羅阱。由一個雙曲面截面的環形電極和上下一對端電極構成。封閉在真空池內的離子,通過高頻電壓掃描,將離子按m/z從池中引出進行檢測。
離子阱質譜儀是一種低分辨時間可以進行msn的測定。而且價格比其它類型的串聯質譜儀便宜。在有機物定性方面得到了很廣泛的應用。
離子阱有全掃描和選擇離子掃描功能,同時具有離子儲存技術,可以選擇任一質量離子進行碰撞解離,實現二級或多級MSn分析功能。但離子阱的全掃描和選擇離子掃描的靈敏度是相似的。廣泛應用于蛋白質組學和藥物代謝分析。已經出現了很多離子阱質譜與其它分析儀器聯用的技術,如氣相色譜-離子阱質譜聯用儀(GC-ITMS)、FTR-ITMS聯用技術。
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