在種子儲藏的過程中，種子發熱對于種子安全儲藏的危害是非常大的，不僅會導致種子活力下降，甚至會造成種子霉爛等，喪失利用價值，因此預防種子發熱在種子儲藏期間是需要特別關注的一件事情，不過在種子低溫儲藏柜出現之后，種子的倉儲條件得到了有效的改善，環境條件如大氣溫、濕度，倉蟲，微生物等導致種子發熱的潛伏因素受到了控制，減少了不良環境條件對種子的影響，因此既預防了種子發熱，也確保了種子的安全儲藏。
一般來說預防種子發熱主要可以采取以下措施，第一是嚴把入庫種子質量關，比如在種子入庫前，對種子的凈度、水分、純度、發芽率、發芽勢、生活力和病蟲害等進行全面檢查，并嚴格執行清理、篩選、分極、晾曬處理，確保種子入庫后的穩定性；第二是改善倉儲條件，這一點可以通過種子低溫儲藏柜來實現，該儀器設備可以創造低溫低濕條件，使種子長期處在低溫、密閉、干燥的環境條件下，是確保種子安全儲藏的有效措施；第三是加強管理，比如說定期檢查根據氣候變化規律和種子生理性狀，采取相應的管理措施等。
經過實踐應用，種子低溫儲藏柜對于種子發熱的效果非常明顯，由于做好了入庫前的種子檢查，并采用種子低溫儲藏柜控制了種子儲藏的環境，因此種子在種子低溫儲藏柜中的穩定性非常好，不僅損失少，而且生活力高，經過長期儲藏之后，經過檢測依然能夠滿足良種的要求。同時為了方便管理，種子低溫儲藏柜還配備了數據顯示功能，工作人員可以對柜體內的溫濕度等進行定期定點檢測、記錄和分析，便于技術發現問題及時采取措施，保證種子的安全儲藏。